يُعدّ تناول الليمون بكميات قليلة آمناً على الصحة، كما يمكن أن تكون الكميات العلاجية آمنة كذلك؛ حيث إنّه لا توجد معلوماتٌ تشير إلى الآثار الجانبية لتناوله بكمياتٍ كبيرة، أو لأضرار تناوله على الريق، إلّا أنّ وضع الليمون على البشرة قد يزيد من فرصة الإصابة بحروق الشمس عند الأشخاص الذين يمتلكون بشرة فاتحةً بشكلٍ خاص، ومن جهةٍ أخرى تُنصح النساء الحوامل بتجنُّب تناول كميات كبيرة من الليمون والالتزام بالكميات الغذائية؛ إذ إنّه لا توجد معلومات تُثبت ما إذا كانت الكميات الكبيرة منه آمنة لهنّ أم لا، وهناك عدّة آثار قد يُسبّبها تناول الليمون، ومنها ما يأتي:

تآكل مينا الأسنان: 

وذلك بسبب احتواء الليمون على حمض الستريك (بالإنجليزيّة: Citric acid)، ولتجنُّب ذلك يُنصح باستخدام القشّة عند شرب ماء الليمون، وغسل الأسنان بعد تناوله.

الإصابة بحرقة المعدة: 

حيث يمكن أن يُحفّز حمض الستريك هذه المشكلة عند بعض الناس، بينما قد يُخفّف منها عند غيرهم؛ وذلك لأنّه يتحوّل إلى مادة قلويّة في القناة الهضمية، ولذلك يُنصح الأشخاص الذين تتفاقم لديهم الحرقة بتجنُّب تناول ماء الليمون، ومن جهةٍ أخرى فإنّ الليمون قد يزيد من سوء أعراض الارتجاع المعدي المريئي (بالإنجليزيّة: Gastro-esophageal reflux disease).

القرحة الفمويّة:

حيث إنّ الليمون قد يُسبّب شعوراً بالوخز في الفم.